邓乾元，族名兴坤，化名董清，１９０４年５月生于湖南省溆浦县新坪乡车头村。
早在学生时代，邓乾元就是一名社会活动的积极参与者。１９２２年秋，他从溆浦二区高小毕业，考入常德教会学校——隽德中学后，曾对英语很感兴趣，希望将来当一名翻译家。然而，常德蓬勃发展的学生运动更激起他的爱国热情，他不顾学校当局的阻挠，随省立第二师范社会主义青年团组织的宣传队到处宣传，受到大家的欢迎。
１９２４年，邓乾元加入中国社会主义青年团，并担任隽德中学团支部书记。其间，他曾按照常德地方团委的决定，进行了一场动员隽德中学学生集体退学，以打击帝国主义侵略势力的斗争。他带领团员到同学家里逐一进行访问，向家长们说明帝国主义利用宗教进行文化侵略的罪恶目的；并以常德学生联合会的名义，请省学联通知各地学校接受退出隽德中学的学生转学，解除学生失学之忧。经过一个月的努力，一场集体退学的风暴在隽德中学兴起，导致了这所教会学校的瓦解。
邓乾元转入湖南省高等工业学校学习期间，加入了中国共产党。受中共湖南区委的派遣，他以省学联的名义，率十余人前往常德，进行营救常德省立第二师范四名被捕党团员学生的斗争。在这四名学生将被常德法院以“过激党”罪名处决的紧急关头，他到处奔走呼吁，集会演讲，散发传单，造成了强大的社会舆论。接着，他用２００块光洋聘请了一位有名的律师出庭辩护，对当局强加在四名同学头上的罪名一一予以驳斥。法官理屈词穷，只好宣布暂缓判决。不久，北伐军贺龙部进入常德，这四名同学终于被营救出狱。
１９２６年冬，邓乾元在离开湖南省高等工业学校后，曾去中国共产党在武昌办的两湖党校学习，然后以中共湖南区委特派员身份前往汉寿协助筹建和指导县委的工作。他在协助县委书记詹乐贫处理一场由土豪劣绅挑起的农民械斗中，显示了鲜明的阶级立场和出众的指挥能力。原来，汉寿西南部地势低洼，每逢汛期河水倒灌，１０多万亩良田汪洋一片。过去，这里的群众曾集资修筑沧港驿护堤，因遭到东北部的土豪郭尔豪的反对而未能实现。农民运动兴起以后，农民在开展一系列的斗争和减租减息、清理公产之后，想重新修筑堤垸，发展生产。邓乾元了解这一情况后，当即指示农民协会组织劳力，修筑沧港驿护堤。这时，郭尔豪又纠集一伙土豪劣绅、流氓地痞，四处散布谣言，进行破坏；并打着“炮轰沧港驿护堤，保护东北乡堤垸”的旗号，煽动千余不明真相的农民，手执器械包围了汉寿县城，扬言要杀死邓乾元和詹乐贫。面对这一情况，邓乾元一面部署工农武装严阵以待，一面组织人员向城外群众喊话，揭露土豪们的阴谋，劝告受骗的农民赶快回去。事实终于教育了农民，他们不再受骗上当，而是积极投入修筑堤垸的行列。没多久，不仅一座造福民众的驿护堤矗立起来了，而且连鸭子港的大障废垸也修复了，使流落他乡的数万灾民得以重返家园。
马日事变后，邓乾元只身来到长沙，几经周折终于找到了湖南省委，被安排在省委组织部，负责党团组织的秘密联络工作。这一期间，他和同在组织部工作的董彩云结了婚。受省委的派遣，他们夫妇一道去株州、醴陵一带，组织工农武装，准备秋收暴动。邓乾元任醴陵县委书记，董彩云则留在株洲工作。１９２７年９月初，毛泽东在安源张家湾召开会议，部署秋收暴动的计划时，邓乾元被任命为工农革命军第一军第一师第二团政委。这个团是由安源路矿工人纠察队、矿警队及萍乡、醴陵、安源、莲花等县农民武装组成的，团长是王新亚，任务是夺取萍乡、醴陵，然后进逼长沙。
邓乾元回到醴陵后，进行了紧张的准备工作，只用了三天时间，既逐区逐乡传达了省委的决定，又收集了一批武器，计梭镖７００多支、驳壳枪７支、步枪３０多支、机枪一挺。他还摸清了敌军在醴陵的驻防情况，有力地配合了工农革命军第一师第二团的进攻，９月１２日一举攻克了醴陵县城。但这次暴动很快在敌人的重兵反扑下遭到失败。
１９２８年春，邓乾元被中共湖南省委派到井冈山，任前敌委员会秘书长。同年１２月，湘赣边界特委改组，他调任特委书记。１９２９年初，在毛泽东、朱德率红四军主力挺进赣南期间，他带领地方武装，配合红五军，为保卫井冈山，同进犯的强敌进行了激烈的战斗。但因寡不敌众，井冈山失守。他在随红五军撤离到遂州边境时，不幸被冲散脱队，只得转回酃县，坚持斗争。
为了重整湘赣边界党的组织，邓乾元于４月返回井冈山，与陈正人、朱昌偕、宛希先等取得联系，召开特委扩大会议，恢复了特委的工作，组建了边界红军独立第一团。接着，他与特委常委着手各县基层组织的恢复和整顿，在永新、莲花、宁冈、酃县、遂州、茶陵等县相继成立县委和临时县委，党员也从２０００人发展到５０００多人。他在领导边界军民坚持武装斗争的同时，还先后恢复了井冈山、九陇山两个重要军事根据地。５月初，当红五军奉前委命令重返湘赣边界时，邓乾元在湘赣边界特委第四次执委扩大会上，作出了井冈山革命根据地的中心由宁冈转到永新和分散开展游击战等重要决定，为以后井冈山根据地的不断发展创造了条件。
８月，邓乾元赴上海向党中央汇报工作途中，在汉口向湖南省委写了《湘赣边界工作报告》，对井冈山这一时期工作的看法作了比较全面系统的阐述。这个报告除就边界的建设、武装斗争、政权建设、土地革命等重要问题及其经验教训作了说明外，特别强调了党的建设的重要性。他说：“如欲改造边界党走向布尔什维克的道路，其根本工作两项：第一是加强党的无产阶级之意识领导，……第二是要严密党的组织，认真执行党的章程，对不按选举程序参加支部会议、不缴纳党费及不努力工作者进行严格洗刷。”这就是说，要有一个有政治思想水平和严格纪律的党，才能领导革命走上胜利的道路。
１９２９年１０月，邓乾元在上海受党中央的派遣，与柯庆施、石仲伟一道奔赴鄂西，寻找宜昌起义的部队，然后将部队编为工农革命军第七军，由他们三人组成红七军前敌委员会。但他们到了宜昌后，才知道起义部队已经开往房县，党组织的秘密联络点又遭到破坏，只得返回武汉。中央军委再委派他们组成武汉军委，由柯庆施任书记，邓乾元和石仲伟为委员，领导湖北、湘北、豫南地区的军事组织工作。１１月，为了策应当时在国民党独立第五旅任排长的共产党员程子华在大冶组织的起义，邓乾元前往鄂东南同红五军第五纵队取得联系，并把部队开到讳源湖东岸兴隆铺、曹家院一带。１２月１４日晚，在程子华策动第五、第六两个连的兵暴接应下，红五纵队一举攻克大冶城。不久，邓乾元被任命为红五军第五纵队政治委员。１９３０年６月，红五纵队扩编为红三军团红八军后，又由他接替何长工任红八军政治委员。７月，红五、红八军在军团总指挥彭德怀的指挥下，一举攻克湘北重镇岳阳，切断了长沙与武汉的水陆交通。但在平江召开的军团前委扩大会议上，邓乾元不赞成红三军团与湘鄂赣边境地方武装配合攻打长沙的意见，认为尽管当时形势有利于革命的发展，但就全国政局而言，大革命失败后所形成的敌强我弱的状况并未发生根本的变化，攻打长沙是军事上的冒险行动，是英雄式的拼命主义，不如在广大农村深入开展土地革命，积蓄力量，积极为新的革命高潮的到来做好准备。邓乾元的这些意见没有被接受。长沙虽一度被攻克下来，但很快就遭到国民党军队的疯狂反扑，形势逆转。红三军团不得不退出长沙，转战浏阳、平江一带。
为了总结攻打长沙的经验教训，邓乾元曾写信给８月１５日在平江长寿街召开的红三军团党代表大会，再一次阐述对当前形势的看法。在信中，他首先肯定了攻打长沙、扩大红军等方面的成绩，同时陈述了自己不赞成攻打长沙的种种理由，以及应该吸取的经验教训。他的这些意见不仅没有得到重视，反而引起一些同志的误解和不满，因而受到撤销红八军政委职务和令其脱离红军的处分。
１９３２年初，邓乾元调瑞金中央军事学校任教。１９３３年，邓乾元被错误打成“ＡＢ团分子”，身心受到严重摧残，在１９３４年长征前夕病逝。
１９４５年，中共七大为邓乾元平反，追认其为革命烈士。
