在F-35B垂直起飞或垂直着陆时，背部的辅助进气口便会自动打开。这一设计可以避免发动机再次吸入发动机喷出的废气，有利于提高发动机的功率，并减小吸入异物的危险性。
在F-35B垂直起降时，安装在前机身的升力风扇，可使大量气流穿过过背部和机腹的开口,产生占总推力47%的冷空气推力。后部尾喷管向下旋转90度，产生35%的推力，同时两侧翼根处的姿态控制喷管各产生9%的推力。三者同时作用，使飞机“悬空”。
这样做的好处是飞机因挂载情况及燃油状况造成重心改变时，三处推力点可通过适时调节保持机身姿态，保持飞机起降的安全性和灵活性。同时因为有升力风扇的设计，不需要鹞式飞机那种超大的进气道保证进气，有利于实现超音速飞行。
缺点是复杂的发动机系统占据了较大的空间，因此F-35B的载油量要比空军型F-35A小一些，该机的作战半径自然也会相应减小。
