双模应用
“全尺寸靶机”均有有人驾驶和遥控操纵两种工作模式。尽管美国空军曾对外宣称QF-4为“无人靶机”，该机实则拥有有人驾驶模式，只是很少使用罢了。与QF-4类似，QF-16的设计也采用了两种工作模式，一种有人，一种无人。笔者认为，这种独特的“双模制式”一方面考虑到了QF-16毕竟为三代靶机，相对QF-4这种老掉牙的飞机而言还是相当有利用价值，如果全部作为无人机将其击毁难免有些资源浪费；另一方面，QF-16项目从提出到服役不过几年时间，虽然有着成本低见效快和无人操控装备发达等优势，但毕竟整体成熟度还是不够，无论无人操控技术多先进，飞行员的态势感知能力和飞行技巧是其所不能比拟的，因此有人模式能够使该机发挥出更大效用。
首先我们来看有人模式。QF-16在这个模式中通常要执行追踪模拟或武器系统测试等常规任务。工作过程中，QF-16至少要爬升至12000米上下的飞行高度，最大飞行速度不超过1.4马赫，并要完成横滚、半滚倒转、7G的空中急转等一系列动作，这样才能模拟出现役三代机的性能，为其他战斗机提供追踪模拟，必要时提供瞄准训练。在进行武器系统测试时，飞行员所面对的都是真机能够模拟多种目标与飞行状态，可以使用新型空对空武器进行瞄准和模拟攻击，这样使得武器系统的技术性能及飞行员的技战术水准更符合需求，唯独就是不能发射实弹攻击靶机，但已经非常接近于实战环境。同时，由于QF-16的内部空间较大，足以加装更多的电子干扰设备，也可以进行复杂电磁环境的实战模拟演练。
接下来看看无人操控模式。在这种模式下，QF-16能够自动起降飞行，通常都是执行实弹发射将其击落等任务。其中，防空导弹将其摧毁和战斗机将其摧毁都是高风险演练。地面操控人员遥控起飞，并可同时指挥4架甚至8架QF-16编队飞行，可事先规划好航线及机动动作，地面人员只负责数据的收集。起初，地面或是空中战斗机发射的导弹将不加装战斗部，一旦将QF-16击中，则地面终端和机载记录仪便开始记下数据。如果是测试最新型导弹的性能，则要加装战斗部。此外，无人模式下，QF-16应安装有自毁系统，在起飞前将其激活，确保在失去控制后不会伤及无辜。
两种模式是根据不同的试验和训练需要来确定的，但无论哪种模式，美国空军都恪守“物尽其用”的原则，如果QF-16在装有战斗部的“毁灭飞行”中被击落则要求数据的最优化，如果没有坠落，那么QF-16将返回基地并关闭自毁系统，等待下一次任务。
