万事皆能，惟不言弃
中国南海研究院的成立可谓应势而生。1990年代中期，南海问题因1995年美济礁事件而明显升温，美国发布历史上第一份关于南海问题的官方政策声明，并引起国际社会关注。同时，中越两国于1974年和1977—1978年就北部湾划界问题进行过两次谈判，但均无果而终。1991年，两国关系正常化后，再次启动中越北部湾划界谈判。作为谈判前期准备工作的主要承担单位之一，海南省外事办公室需要在两个月之内完成北部湾沿岸历史、地理与社会现状等问题的调研。
当时国内有关南海的历史文献还没有进行过系统性的收集与整理，所有调研工作都从零开始，要进行大量现场调研、人物采访，在海量的文献资料库中检索、查阅、筛选出有用资料，再撰写、完成调研报告，而且搜集资料还是传统的翻卡片式。每拿到一份文献资料，都必须经过查阅索引、书库查找、逐一解捆、翻阅摘抄、打字刊印等多个繁琐步骤，但调研队伍仍在不到两个月的时间里，查阅了200多种古籍、书刊，以及50多卷档案，走访了近百家单位和个人，撰写了3万多字的专题报告，圆满完成了外交部委派的工作任务。调研成果在北部湾划界谈判中发挥了重要作用，同时，吴士存也认识到加强南海研究在解决有关争议问题中的重要性。
这次调研有两个巨大收获：一是积累了相当一批文献资料；二是形成了一支具备一定专业研究能力的人才队伍。南海问题事关国家主权和海洋权益，同时也关系到海南省的对外开放和开发建设。
调研结束后，吴士存开始思索如何搭建一个载体将这笔珍贵的“资产”保留下来，并进一步丰富。1996年2月，在海南省委省政府的大力支持下，成立了海南南海研究中心。2004年7月，经国务院批准，海南南海研究中心正式更名为中国南海研究院，在政策和业务上受外交部和国家海洋局的指导。与此同时，中国南海研究院也成为我国唯一以南海问题为研究对象的专业学术研究机构。为进一步拓展南海研究事业，完善学术网络，2013年1月，研究院成立中国南海研究院北京分院。
从2006年国家发改委批复同意建设中国南海研究院新院址，2008年启动建设，2011年4月28日新址落成，到现在已经整10年。
吴士存说：“我们看到了南海问题研究的重要性，但这个事怎么做，如何实施，需要的人力和物力从何而来。最初没编制、没经费吸引不来人才，也走不出去，发展面临诸多困难和挑战。更名申报又经历了漫长的过程。失败后又继续，再失败再继续，终于在关键的一步找到有效途径到达终点。还是那句老话‘万事皆能，惟不言弃’。只要坚持，梦想终会实现。”
2016年3月，博鳌亚洲论坛期间，由中国南海研究院和印尼战略研究中心共同牵头发起的“中国—东南亚南海研究中心”正式挂牌成立。该中心是一个国际机构，旨在为推动中国和东南亚有关国家的海上合作提供新的平台。南海问题需要和平解决，中国和南海周边国家需要稳定，中国和东盟需要提升互信。但近年来，由于域外国家的介入，南海和平稳定受到威胁，这不符合中国与周边国家维护南海和平的利益。
从吴士存坚定的眼神里，从他沉稳却又激情澎湃的语调中，记者看到了一种气度、一种情怀，爱我南海、爱我中华，没有这种大爱，就没有今天的中国南海研究院。
