1940年，日军增至11个师团，对抗日联军进行更残酷的“讨伐”，形势愈加严重。同年底，中共吉东、北满、南满省委讨论统一领导和抗日联军的统一指挥问题，确定了保存实力，培养干部，坚持斗争的方针。此时，第1、第2路军大部转移至苏联境内，成立南、北野营，进行整训；一部分在辽宁、吉林东部边境地区和完达山区坚持斗争。第3路军继续在黑嫩平原和大、小兴安岭地区开展游击活动，1941年攻克甘南县宝山镇、庆安县大罗镇，1939年冬，抗日联军第1路军在辽吉边地区作战时的野营生活袭击瑷珲县汗达气金矿等十几个城镇，共进行战斗20余次。1942年2月，赵尚志在攻打鹤岗梧桐河伪警察分所时牺牲，随后部队大部转移至苏中边境。同年秋，南、北野营合编为抗日联军教导旅，旅长周保中，政治委员李兆麟，下属4个教导营和1个通信营，继续进行军政整训。另组成十几个小分队，在东北境内侦察情况，袭击日伪军，开展群众工作，坚持到抗日战争胜利。1945年8月，抗日联军教导旅协同苏联红军向中国东北进军，参加对日军的作战，进占57个大中城市和重要县城，组建了东北人民自卫军。尔后，与挺进东北的八路军、新四军合编为东北人民自治军。参加大反攻的东北抗日联军的骑兵部队东北抗日联军在十分困难的情况下，长期独立奋战，历尽艰辛，钳制与消灭了大量日本关东军和伪满洲国军。
从1931年到1945年苏联出兵前，日军在东北共死伤17万余人，伪军死伤5万余人。抗日联军伤亡3万余人，其中师以上干部约百人。东北抗日联军的斗争， 对全国抗战起到了战略上的配合作用，为抗日战争作出了重要贡献。
