矛盾激化
史蒋之间的矛盾，经中美双方的种种斡旋特别是罗斯福总统行政助理居里的亲自到重庆调解，以及美国对华援助的增加、中美中英不平等条约的废除等多种因素的制约，暂时得到缓和。这以后，史迪威倾其主要精力，于印度和中国云南训练中国军队，并提出了整编军队、清除无能高官、澄清指挥系统等种种建议；与此同时，史迪威还超出意识形态的差异，坚持国共两党共同抗日的方针，主张予国共双方军队以平行援助，同时建议将国民党封锁陕甘宁边区的数十万嫡系部队用于抗日前线；为了解中国共产党及其领导下的抗日根据地的真实情况，史迪威还冲破层层阻力，向延安派出了以包瑞德上校为组长的、代号叫“迪克西使团”的美军驻延安观察组，从而开启了美国政府、军方与中国共产党合作的先河。史迪威的举措，从根本上否定了国民党的传统政策，更与国民党所坚持的“溶共反共”政策水火不容，从而孕育着双方矛盾的进一步加深和激化。
辗转回美
1944年国民党正面战场出现豫湘桂大溃败，美国政府要求蒋介石赋予史迪威以指挥中国军队全权的时候，蒋史矛盾得到总爆发，美国政府与蒋介石双方为此反复磋商、争论甚至摊牌，最终美国政府在蒋介石不撤换史迪威中美两国即无法合作的要挟下，从维护美国本身及其与国民政府的关系出发，于1944年10月19日致电蒋介石，同意召回史迪威，另委魏德迈将军为中国战区参谋长。史蒋矛盾最终以蒋介石的胜利而告结束。1944年10月21日下午，史迪威离开重庆飞昆明，转道缅甸、印度回国，先后就任美国国内陆军地面部队司令、太平洋战场美国第十集团军司令等职，1946年10月12日病逝于美国。
