器官移植是医院的主要特色，已先后开展肾脏、肝脏、肝-胰-肾、肝-肾、胰-肾、心脏、心肺、肺脏、角膜、骨髓、胰岛细胞、干细胞等移植，手术的种类、数量和质量居国内领先水平，成为国内重要的大型器官移植中心之一。同时，医院在肾脏病、肝胆疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、颅脑疾病、老年病、心脑血管病、消化病、肿瘤等疾病诊治方面处于国内先进水平。医院开展的临床检验技术、血液净化技术、放射介入技术、病理诊断技术、微创技术、超声诊治技术等处于军内外、省内外先进水平。
医院设有国家人事部博士后科研工作站，拥有7个博士后带教学科。医院是厦门大学附属东方医院，第二军医大学、南方医科大学、福建医科大学临床医学院，第四军医大学、安徽医科大学、南昌大学医学院教学医院。有40个学科（专业）点与上述高校及福建中医学院等联合培养博士、硕士研究生，拥有博士、硕士研究生导师124名。此外，医院每年还承担上述高校及其它高校近600名本科生临床大课、临床见习、临床实习教学任务，每年接收军内外进修生200余人次。
