良性占位性病变
肝海绵状血管瘤是最常见的需与小肝癌鉴别的疾病。多无肝病背景，肝功能正常，超声显像示高回声光团（<3cm），边界清，无声晕。一般不需任何治疗，定期随访即可。少数直径较大者应作CT扫描鉴别诊断，介入消融或外科切除均可。
大的肝硬化结节与小肝癌的鉴别最为困难，在门静脉和肝静脉系统出现的血栓和癌栓亦难以分辨，一直是肝癌筛查对象的重中之重。通常小肝癌周边或瘤内可检出条索状彩色血流信号，动脉阻力指数>0.5，增强CT可见造影剂充填，进一步做肝动脉造影可见肿瘤血管或肿瘤染色，碘化油CT（CTLP）可出现癌灶内碘油沉积之特征性改变。而肝硬化结节则表现为均匀分布的散在光斑。无论是结节还是血栓，一般都无血供。但需警惕不少肝硬化最终还是发展成肝癌，亦有报告在肝硬化腺瘤样增生结节中常隐匿有小的肝癌结节，应密切随访，动态观察。
肝囊肿一般无肝病背景，亦无症状，多为先天性，病程长，常多发。超声显像为典型液性暗区。一般无需处理，少数增大超过5cm，穿刺抽液并注射无水酒精有效。
肝包囊虫仅流行于牧区，发病于密切接触犬类者。一般无肝病背景，超声检查出现多囊性液性暗区，并可见子囊孕于母囊中的现象。包囊虫抗原皮肤试验（卡索尼试验）多为阳性。
肝脓肿多有发热，右肋间隙压痛，肝区叩击痛等炎性表现。可能有阿米巴肠病、败血症、胆系感染等病史。
其他恶性占位性病变
转移性肝癌常有原发癌病史，一般以消化道肿瘤多见，晚期肺癌或乳腺癌亦有发生。多无肝病背景，超声显像可见肝内大小相仿的多发性占位，以周边或肝包膜下居多，少血供或无血供，可见典型的“牛眼征”。应明确肿瘤性质、转移途径及TNM分期，予以抗肿瘤综合治疗。
