全国委员会设办公厅，在秘书长领导下进行工作；设副秘书长若干人，协助秘书长进行工作。政协第十二届全国委员会工作机构如表2。
全国委员会辖设三个全国性社会团体组织：中国经济社会理事会、中国宗教界和平委员会、中国人民政协理论研究会。
中国经济社会理事会
中国经济社会理事会是经济社会领域里的社会团体、研究机构、企事业单位的联合组织，由经济学界、社会学界等方面的专家、学者以及有关单位的组织者、管理者组成的非营利性的全国性组织。成立于2001年7月2日。宗旨是团结经济社会各界，落实科学发展观，为促进经济社会协调发展、构建和谐社会发挥研究、咨询和服务作用；积极参与经济社会理事会和类似组织国际协会的活动，加强与国际协会的成员组织及各国经济社会研究机构之间的联系，为发展中国民间外交，推动中国民间组织与国际非政府组织的交流与合作做出贡献。
现任主席王刚。
中国宗教界和平委员会
中国宗教界和平委员会（简称“中宗和”）是由中国各宗教（佛教、道教、伊斯兰教、天主教、基督教）的代表人士组成，具有独立法人资格的非营利性的全国性社会团体。成立于1994年7月2日。宗旨是高举友好、和平、发展、合作的旗帜，发扬中国宗教界爱国爱教和崇尚和平的优良传统，积极促进各宗教团体的团结和睦，发展同各国宗教界及世界性、地区性和各国宗教和平组织之间的交流与合作，维护祖国统一，促进世界和平与共同发展。
现任主席帕巴拉•格列朗杰。
中国人民政协理论研究会
中国人民政协理论研究会是在政协全国委员会领导下，从事中国共产党领导的多党合作和政治协商制度、人民政协理论研究和宣传的全国性学术团体。成立于2006年12月20日。
名誉会长为王刚、杜青林、陈奎元、钱运录、王忠禹、罗豪才，会长为郑万通。
