根据俄罗斯原来的规划方案，S-400可配备三种导弹：其中40H6导弹飞行高度达70千米，采用二次点火技术，飞行距离可达400千米，是当今射程最远的地空导弹。同时地面配备一台超视距雷达作目标指示，以便探测到超视距外目标（据俄官方消息，这是一台作用距离达600千米的远程目标指示雷达）。不过值得注意的是，俄罗斯的官方表态是，40H6导弹主要拦截视距外至400千米范围内的敌方预警机和电子战飞机等大、中型目标；用以瓦解敌方的“战区外攻击战术”（即“雷达视距外攻击战术”）。而有些媒体和文章却误读为在此范围内S-400具备拦截各种弹道导弹的能力。
至于S-400的中近程拦截任务，则用机动性良好的9M96系列导弹，并保留S-300原用的48H6导弹。9M96系列弹的弹体为鸭式布局，且具有推力矢量控制，可在35千米高空作变轨飞行。其中9M96E弹用于近程40千米内拦截；9M96E2弹用于中程120千米内拦截。40H6和9M96系列这二种导弹的战斗部都采用定向破片爆炸，以增加杀伤力；二者都采用主动导引头。由此可以说，如果S－400配备齐全的话，俄美两家的第四代防空反导武器称得上是各有绝招，旗鼓相当。
