苏联专家即将来华，有些工作要早做准备。涉及到总参的陈赓要管，如示范部队部署在哪里？将来的生产规模，以及维护保管等问题，总参谋部要拿出意见。关于人员、物品和资料的保卫保密问题，苏方会提出一系列的要求。同时，我们自己也需要加强保卫保密工作，制定相应的严格措施，严防失密泄密事件的发生。此事由于周恩来、刘少奇过问，由聂荣臻召集国务院和军委的有关单位领导专题讨论研究，提出具体措施，报周恩来和中央书记处同意后，中央科学小组监督执行。
“两弹”试验靶场和原子武器储存仓库的选址定点及建设问题已提到工作日程上，陈赓除参与研究外并为靶场和仓库的主官人选物色对象。
有些并非总参谋部的工作，例如研究五院明年（1958年）工作方针和任务的会议，聂荣臻也通知陈赓参加。所以，协定签订后，陈赓工作非常繁忙。
关于“两弹”建设中所需的各类技术人才问题，一直兼任军事工程学院院长的陈赓当然责无旁贷地要主动考虑到。他与聂荣臻多次研究，先是确定：今后军事工程学院、北京航空学院等四院校的专业安排、培训计划、师资与研究工作的调配、协作等事项均由航委统一掌握。后又确定：军事工程学院、北京航空学院等六院校的有关专业的规划与协调由五院负责安排。关于军事工程学院拟增系、科的问题，陈赓早在代表团出国前已向聂荣臻提出。经过研究讨论，最后只同意增设三防（防原子、防化学、防细菌）系，至于导弹专业暂不设系，只于空军系中设立一个科，待以后发展了再扩建成导弹工程系。
1959年2月15日，军事工程学院导弹工程系正式成立。随后又以导弹工程系有关核弹头的几个专业与海军工程系的反应堆专业为基础组建了原子工程系。陈赓为了培养新技术人才，加速原子弹的研制，特指示哈尔滨军事工程学院派人向二机部汇报该院原子系的教学情况，征求意见，请求指示，并拟承担核科研项目，受到宋任穷部长、刘杰副部长的亲切接见。经过一系列院系专业的调整建设，哈军工成为一所名副其实的专门培养军队武器装备（包括原子弹、导弹）研究设计人才的高级军事学府，该院的日常工作即由刘居英副院长主持。
陈赓深知国防高等教育的重要性，只有把科学和教育搞上来，才能兴国强军。1957年5月16日，清华大学校长蒋南翔给聂荣臻写信，说学校筹办几个国防新专业，但缺少急需的设备器材，请求国防部有关部门给予援助。聂帅阅后，批请陈赓解决，陈赓坚决照办。后来清华大学成立自动化系，也是陈赓批由国防科委资助的。
为了统筹国防科技人才的培养，集中国家有限的人力、物力、财力，办好国防科技高等院校，陈赓提出把有关院校划归国防科委领导。他指示国防科委安东秘书长同有关工业部的业务部门和院校领导商量。其中有第一机械工业部教育局局长周一萍、北京航空学院院长武光、北京工业学院院长魏思文、西北工业大学校长寿松涛等。陈赓亲自向中共中央和国务院主管部门汇报、请教。
直到各方面的意见一致了，再由聂荣臻向周恩来、邓小平、彭真等中央领导人报告，1961年2月6日中共中央批准并发出通知将北京航空学院、北京工业学院、哈尔滨工业大学，西北工业大学、南京航空学院、成都电讯工程学院、上海交通大学等7所国防科技工业高等院校划归国防科委统一领导与管理，为国防科技工业培养人才。这些院校划归国防科委领导前，为取得中央有关部门的领导和支持，加强院校建设，提高教学质量，陈赓支持并去中央书记处请求批准把这些院校列入了国家重点院校，在经费和物资方面增加投入，使院校教学、科研工作，得到更快更好的发展。
