双方军力相差，核打击传言使中方感到紧张
苏联领导人在处理对邻国关系时一贯有大国沙文主义传统，同自己阵营中的国家出现分歧时也习惯采取强硬施压方式，这一恶劣做法在中国却激起了最强烈的反弹。从解密的俄罗斯档案中可看出，苏联对华施压的目的是想让中国回到其阵营，结果却适得其反。
珍宝岛事件后，苏军《红星报》以不指名却有明显影射的方式称，自己有强大核反击力量，可以给“现代冒险家”以摧毁性打击。后来俄罗斯解密的档案证实，1969年苏联已拥有核弹4万枚（这是苏联历史上拥有核弹最多的时候），可运载核弹头的洲际导弹超过1000枚。中国刚刚于1964年10月试验原子弹成功，1966年10月才进行了“两弹”结合（原子弹头装入近程导弹）的成功试验，在1969年时却还不具备远程导弹攻击能力，核弹数量更远远不能同苏联比。中国虽然有军队631万人，苏军只有330万人，中方武器装备的水平却落后一代以上，国民产值只相当于苏联的六分之一。珍宝岛事件后苏军紧急向远东增力，1969年夏天还一度停止了西伯利亚铁路的客运而专供军用。此时中国在东部、南部还美国和台湾当局保持着军事对峙，国内又处在“文革”动乱中，同苏联发生冲突对自己十分不利。
此时“文革”的宗旨恰恰是“反修防修”，珍宝岛事件后提出“团结起来，准备打仗”虽对消除严重派性和国内武斗发挥了一定作用，却使中国又处于一个两难的局面：一方面不想同苏联谈判以缓和“反修”气氛，一方面又担忧苏联的军事实力。珍宝岛事件后的近半年时间，国内“准备打仗”的口号主要是服务于政治需要。此时美国故意调整对华关系，于7月21日自朝鲜战争以来第一次宣布放宽对华贸易限制和美国公民来华旅行的限制，明显是想拉拢中国以孤立它最主要的对手苏联。
据当时的“副统帅”林彪的秘书张云生在回忆录中说，在珍宝岛事件后的半年内，林彪根本不过问对苏战备，认为不会真正发生战争。8月份末中央下达全国战备指示后，林彪才开始布置相应的准备，不过他在军委小规模的会上仍讲：“这个仗八成打不起来，却要做八成打起来的准备。”此刻中共中央向全国和全军下达了紧急战备命令，直至第二年春天人们才认识到这是虚惊一场。
1969年秋天引发中国最担忧的事件，是当时美国舆论传言称有苏联外交官员向美国官员试探“如果苏联对中国的核设施发动袭击，美国会作何反应”。对这一消息，美国和苏联的官方都未证实，所说的“袭击”方式也未讲清是否为核打击。不过有国际战略知识的人可以想到，若只是为了几十名边防军人的死亡，核大国之间就要发生一场核战争，这明显违反基本的战略思维逻辑，采取常规轰炸方式同样可以发挥苏军的优势。美国舆论却故意将“袭击”的概念模糊化，牵涉到“核”内容，明显包含有夸大危险并对中国实施恫吓的目的。
当时中共中央虽然做了防止核袭击的最坏准备，主要立足点还是防范苏军常规力量进攻。9月2日越南领袖胡志明去世，苏联部长会议主席柯西金到河内吊唁时提出想在归国时“路过北京”会谈。为了探明其底盘，毛泽东改变了此前不同苏联谈判的态度，同意在机场接待。9月11日，周恩来同柯西金在北京机场会客厅见面后对他仍以“同志”相称，并表示说：“你们可以有你们的见解，我们可以有我们的见解。这些争论不应该影响我们两国的国家关系。”周恩来还明确指出：“美国开动了自己全部的宣传机器，妄图使我们两国兵戎相见”，并以警告的口吻询问苏联对华是否有打仗的意图。柯西金当即保证说，苏联没有打击中国的意图，并带有一点讽刺意味地说：“无论是苏共，还是苏联政府，从未在任何地方、任何文件中号召人民打仗，从未在任何地方对人民说勒紧裤带，准备打仗，相反，却一直在谈论和平。”
在这次会谈中，两国总理达成了谅解，从而停止了边界冲突，并达成恢复互派大使和增加贸易额的共识。不过中方怀疑苏方是在进行欺骗，随后采取了规模更大的战备行动，包括总参在10月间以林彪名义发布了“林副主席第一个战斗命令”。后来中央经调查证实，此命令系黄永胜布置、总参作战部长阎仲川拟定，是在过度紧张情况下违规发布，而非“九一三事件”后所说的“阴谋活动”。根据中央的疏散决定（有些文章和书籍将其说成是根据林彪的命令是不准确的），首都和许多北方城市进行大疏散，城市居民大都要参加挖防空洞。在冰天雪地中疏散时，我本人首次尝到了被冻伤之苦，对那纸过火的疏散令真有切肤之痛。
