一、仲裁庭扩权滥权，破坏《公约》争端解决机制的整体性，侵犯了缔约国自主选择争端解决方式的权利
主权国家是国际法的最主要主体，尊重主权平等是《联合国宪章》所确立的国际法原则，尊重主权国家的自主选择是现代国际法的基础。《公约》规定的争端解决机制同样建立在尊重主权平等和主权国家意愿的基础上。一是根据《公约》第280条和第281条，缔约国之间的有关争议首先应通过自行选择的和平方法解决，如果缔约国业经协议用自行选择的和平方法谋求解决争端，则只有在诉诸这种方法而仍未解决争议且各方不排除其他程序的情形下，才可适用其他规则。二是根据《公约》第283条规定，缔约国之间如果对公约解释和适用问题产生争议，应迅速就有关争议交换意见。根据《公约》的精神，直接当事国之间履行交换意见的义务应当属于诉诸第三方争端解决程序的前置条件。三是根据《公约》第298条规定，即便就争端解决强制程序而言，缔约国仍然有权作出排除性声明，将涉及海洋划界、历史性海湾或历史性所有权、军事和执法活动排除在有关强制程序之外。
自1995年以来，中菲在多个双边文件中已就通过双边谈判解决南海有关争议达成协议。2002年中国与包括菲律宾在内的东盟10个国家签订的《南海各方行为宣言》（以下简称《宣言》）第4条明确规定，由直接有关的主权国家通过友好磋商和谈判，以和平方式解决它们的领土和管辖权争议。中菲两国据此选择了以谈判方式解决有关争端，并排除了包括仲裁在内的第三方解决办法。直至2011年，菲方还与中方共同发表声明，承诺坚持通过谈判协商解决争议。
仲裁庭不顾中菲已选择通过谈判协商方式解决争端的事实，不顾中方根据《公约》第298条作出的排除性声明，违反《公约》规定，强行审理和行使管辖，严重侵犯中国作为主权国家和《公约》缔约国享有的自主选择争端解决方式和程序的权利，架空了包括中国在内的约30个国家根据《公约》规定作出的排除性声明，从事实上否定了缔约国享有自主选择争端解决方式的权利，破坏了《公约》争端解决体系的完整性。
更为恶劣的是，仲裁庭为了扩张自己的管辖权，无视《公约》在“妥为顾及所有国家主权的情形下，为海洋建立一种法律秩序”的目的和宗旨，把手伸到与《公约》根本无关的领土争议问题，企图通过歪曲解释《公约》否定中国对南沙群岛的主权，配合菲律宾掩盖其非法侵占中国南沙群岛有关岛礁的事实，扮演了极不光彩的角色。
二、仲裁庭认定事实和适用法律过程中存在严重不当
第一，仲裁庭对中方立场断章取义，歪曲解读。根据《公约》附件七有关规定和相关国际法实践，在中国不接受、不参与仲裁的情况下，仲裁庭仍应查明菲方诉求涉及的全部事实和法律依据。中国外交部于2014年12月7日受权发表《中华人民共和国政府关于菲律宾共和国所提南海仲裁案管辖权问题的立场文件》，系统全面阐述中国政府对仲裁案的立场以及仲裁庭对菲方所提仲裁事项没有管辖权的法理依据。
令人遗憾的是，仲裁庭不但没有听取中国政府对有关问题的立场，反而对中方立场文件断章取义、肆意歪曲，寻章摘句以作为攻击中方立场的“材料”。例如，在中菲已选择通过谈判解决争议的问题上，仲裁庭无视中方立场和中菲在一系列双边文件和《宣言》中共同体现的仅通过谈判解决争议的承诺，刻意解读每个单一文件的法律约束力，从而得出中菲之间未排除第三方争端解决方式的错误结论。又例如，对中国南沙群岛有关岛礁法律地位的判定上，仲裁庭无视中方一贯坚持将南沙群岛视为整体的立场，歧视性地把有关岛礁从南海诸岛的宏观地理背景中剥离出来，构成对中方立场的无视和曲解。
第二，仲裁庭对事实和法律的认定，前后矛盾。仲裁庭对菲方的诉求，往往是先预设结论，然后才开始选择性地搜集中方的证据并且无端指责，因此在有关事实和法律的认定上前后矛盾，错漏百出。例如，仲裁庭一方面咬定案件本质不是领土主权和海洋划界问题，但却将中菲双方围绕解决领土主权和海洋划界争端进行的协商作为菲方已履行交换意见义务的依据；一方面错误地认定《宣言》不具法律约束力，又将《宣言》作为菲方已经履行交换意见义务的依据等。
同时，为服务于确立对菲方所提仲裁事项的管辖权，有关仲裁员和专家证人在仲裁庭的立场和其所一贯坚持的立场相比发生了原则性变化。例如，荷兰籍仲裁员宋斯教授长期认为确定岛礁的法律地位是海洋划界密不可分的组成部分，但在成为本案仲裁员后，一改过去的立场，反而认为岛礁法律地位的判定可以与海洋划界问题脱钩，从而为菲律宾恶意规避中方有关海洋划界的排除性声明背书。又例如，菲律宾所请的专家证人斯科菲尔德教授曾撰文指出，南沙群岛至少存在12个符合岛屿定义并可以主张专属经济区和大陆架的岛屿。然而在仲裁庭听证时，斯科菲尔德教授却反口称南沙群岛没有一个岛礁可主张专属经济区和大陆架。仲裁庭在庭审中丝毫未对斯科菲尔德教授前后说法的自相矛盾之处提出质疑，没有尽到审慎审查证人证言的义务。
第三，仲裁庭对国际法规则的适用，充满争议。在岛礁领土地位与领土主权和海洋划界问题，以及“承诺”是否构成约束力等问题上，仲裁庭引用个别新近作出且具有高度争议性的司法判例证明其观点，却无视更多与其结论相反的国际司法判例，而且缺乏充分的说理，缺乏基本的严肃性。
其中，最典型的有选择性问题体现在中菲在一系列双边文件中的“承诺”是否具有法律约束力问题上。仲裁庭无视国际法院在2007年波黑诉塞黑案中对“承诺”一词法律含义的明确解释，无视国际法院在卡塔尔诉巴林、喀麦隆诉尼日利亚等案中的权威论断，即一项文件无论采用何种名称和形式，只要为当事方创设了权利和义务，这种权利和义务就具有约束力，而仅仅凭借中菲有关双边文件的形式和《宣言》的政治性，在毫无详尽分析的情况下，就认定中菲之间通过双边谈判解决争议的承诺没有法律约束力，并将此作为裁定其对菲方有关仲裁事项有管辖权的基础之一，这样的结论显然毫无法律说服力。
