１２月３日，在巴西沙佩科市中心的体育场，巴西沙佩科恩斯足球队的球迷在遗体告别仪式现场哭泣。 新华社/路透
悲痛之余，球迷们更想了解坠机事故的原因，想弄清楚是什么夺走了他们的传奇球队、英雄球员。
据报道，因伤落选南美杯决赛大名单、未乘坐失事飞机前往哥伦比亚的沙佩科恩斯队员摩西·桑托斯，在接受采访时发出惊人言论：“沙佩科恩斯全队乘飞机前往哥伦比亚的飞机失事是一场暗杀活动，并非是单纯的飞机失事。”据《每日邮报》报道，失事飞机因燃料耗尽坠毁在哥伦比亚的群山之中，其玻利维亚飞行员在飞机坠毁前的最后音频记录显示，空管人员要求他在航线中盘旋，暂时不要降落到麦德林机场。
这一惊人爆料，令一些人推断是有人蓄意导致飞机燃油耗尽而坠毁。一则未经公开的录音更加剧了人们的这种猜疑——录音显示，飞行员在飞行过程中已经听到了燃油不足的警告，但机场方面并没有指示他们备降到附近其他机场。麦德林机场方面的官方声明则表示，失事飞机在飞抵麦德林机场前燃料就已经耗尽了，其燃油储备仅勉强足够完成本次飞行任务。
事故原因就此又引向失事航班机组。但是，执飞这一航班的阿弗罗ＲＪ—８５飞机并没有排泄燃油功能，所以不存在飞行员在坠机前排放燃油的可能性。而事故现场没有爆炸、燃烧，也没有伤员被灼伤，说明飞机燃油已经耗尽。对发动机的检查也表明，坠机时４个发动机都已停止转动。
玻利维亚航管部门显然对此负有一定责任。飞机出发前，圣克鲁斯机场的女管理人员塞利亚·卡斯特多提出了质疑，特别是飞机计划飞行时间（４小时２２分）和飞机续航能力是一样的。这显然不符合飞行安全要求，通常民航客机要求飞机载有到达目的地后续航３０分钟的燃油，以保证应对意外情况。阿弗罗ＲＪ—８５飞机的燃油能支持４小时的飞行，最长飞行距离１６００海里（约合２９６３公里），而起飞地点玻利维亚的圣克鲁斯与麦德林之间的距离恰好刚刚超过这个里程。事后调查显示，飞机在坠毁时已经飞行了４小时２０分钟。
但是，失事飞机飞行员米格尔·基罗加（也是飞机所属拉米亚公司的老板之一）对机场人员说：“我们飞过这个航程，没有问题。也就是这样写写而已，不必担心。”拉米亚公司负责人之一古斯塔沃·巴尔加斯后来告诉记者，没有尝试在波哥大加油就让飞机直接飞往麦德林，是基罗加的个人决定。他说：“飞行员才是做决定的那个人，他认为燃料能够支持飞机飞到那里。”尽管卡斯特多拒绝了这份飞行计划，但圣克鲁斯机场其他职员仍然予以放行，然后将飞行计划转交给玻利维亚国家航管部门。
哥伦比亚方面收到的飞行计划显示，这架飞机会在玻利维亚和巴西接壤处城市科维哈起降加油，但实际上却没有按计划执行。拉米亚公司项目运作部经理马尔科·罗查·贝内加斯否认曾有过此类超越航程极限的飞行，“外界说我们这么做是为了节省起降加油的６０００美元。和生命相比，这算什么？”
