第三〇九医院全军器官移植中心是一个多元化、综合型的医学中心，在军内、国内享有较高的声誉。目前，中心由泌尿外科、肝胆外科、血液病科、肾脏病科、细胞治疗科、移植研究室、移植重症监护室、血液透析室、层流病房等8科4室10个护理单元组成，将器官移植内、外科和细胞治疗相关科室进行了科学整合，构建起器官移植与再生医学的优势学科群，开展了大量探索性工作，在器官移植基础研究与临床应用方面取得了骄人的成绩。
器官移植中心是2002年4月在泌尿外科基础上组建的。1987年4月，泌尿外科由外三科分出组建独立的科室。2002年4月，以泌尿外科为基础，联合肝胆外科、胸心外科成立器官移植中心。2005年8月，肾脏病科和血液病科纳入移植中心。2006年3月，中心被总后卫生部正式命名为全军器官移植中心。2007年解放军总医院140个科室的综合评估，中心取得第10名的优异成绩。2008年被评为解放军总医院首批“研究型科室”。
中心党总支先后被授予总后勤部“学雷锋先进单位”、“首届学习成才先进单位”、“先进党支部”，三次荣立总后勤部集体三等功。2009年医院转隶总参谋部以来，先后荣立总参谋部集体三等功、集体二等功各一次。
器官移植中心拥有独立的病房大楼、研究室，使用面积达到千余平方米，拥有各种大型医疗、科研仪器设备140余台件，总价值2696万元，展开床位316张，现有工作人员231人，在编主系列人员48人，其中硕士以上学历39人（占81.2%），高级职称21人（占37.5%）。
中心在国内享有较高的学术地位，拥有一批国内外知名专家教授，如学科带头人石炳毅、蔡明、钱叶勇；老专家庄玉辉、萧荫祺、梁春泉；外聘兼职专家陈忠华、陈虎、曹履先等，这些专家教授均为各自研究领域的学术带头人。中心与美国耶鲁大学综合性肿瘤中心合作，聘请了该中心主任Richard L. Edelson为中心客座教授，协作开展与器官移植临床相关的基础研究，以推动临床、教学、科研的一体化发展。
近年来，中心作为医院的重点效益科室医疗毛收入由2006年0.3亿元增涨至2010年2.3亿元，5年增长近8倍。中心各科室医疗数、质量指标均处于医院前列，年收容量及病床周转次数在军队同类学科处于领先地位，收治危重疑难病人比例高，危重病人抢救成功率在85%以上，居国内同类学科领先地位。中心具有较高的医疗市场影响力，外地住院患者占住院人数50%以上。
中心各科室积极支持、踊跃参加医院各项卫勤保障任务，2007年解放军总医院反台独应急作战卫勤演习、“3.19”卫勤综合演练，2008年汶川抗震救灾、奥运医疗保障，2009年“亮剑”卫勤综合演练、北京反恐维稳卫勤演习，2010年玉树抗震救灾、总参驻京单位师职干部健康体检等等，出色完成任务的同时，展示了移植中心特别能吃苦、特别能战斗的优良作风，多次受到医院及有关单位的高度肯定和赞扬。
