战时指挥与协调确保新体制运行
军队改革能够建立新体制，搭建新架构。但是，和平时期设想的体制与架构，肯定不可能在战时事事如意。这就需要决策者在战时进行各种协调与指挥。
在美国决策者制定应对海湾危机的战略和实施过程中，中央司令部发挥了重要的支持作用。伊拉克对于科威特的突然入侵出乎美国决策者的预料，而中央司令部根据掌握的情报和已有预案，在第一时间向国家安全委员会提供了详尽的态势分析与评估，以及具有可行性的军事反应选项。老布什总统因此下定决心向海湾部署美军，在外交上说服沙特政府接受美军进驻布防后，迅速授权中央司令部开展“沙漠盾牌”行动。
在“沙漠盾牌”行动完成之后，美国高层希望依托当时手中兵力将伊拉克军队赶出科威特。施瓦茨科普夫并没有附和这一想法，而是通过详细论证指出，面对战区内数十万伊军，现有兵力无法迅速完成这一任务。布什总统最终接受了施瓦茨科普夫的提议，决定向海湾增派一个重装军和海空力量，确保了“沙漠风暴”行动中美军在火力和战力上的压倒性优势。在地面进攻发起和结束的时机选择上，施瓦茨科普夫则根据政治外交考虑克服了短时间内将参战部队及装备补给部署至待命地域的困难，按时发起攻击，在攻击进展顺利的情况下，接到命令即停止追击，做到了“令行禁止”。
海湾战争虽然在中央司令部责任区内进行，但其他战区并未坐视不顾。自“沙漠盾牌”行动展开后，美军作战命令随即规定，中央战区的受援战区，欧洲战区、太平洋战区等为支援战区，必须根据中央司令部的需要提供各种支援。美军第一批运到沙特的重装备来自印度洋基地。而为了发动攻势增派的重装部队都来自于本土和欧洲战区。欧洲战区甚至与新近改善关系的东欧国家联系，为中央司令部筹措坦克等重装备所需的拖车。
与以往美军参与的局部战争相比，海湾战争期间，中央司令部在联合作战指挥方面也取得了新的突破。20世纪80年代中期，美军陆空联合作战指挥与协同问题已经得到了解决，但海军与其他军种的指挥和协同问题却未取得实质进展。一个明显的例证就是海湾危机爆发后，美国向海湾部署的海军兵力大幅增加，海军决定让第七舰队司令兼任中央司令部海军指挥官，但该司令拒绝将海军指挥所设置在中央司令部前进指挥所周边，坚持在“蓝岭”号指挥舰上进行指挥，并且同时处理第七舰队相关行政事务，这也影响了中央司令部的运作。
在危机期间，美国海军甚至还依照日常规定对海军指挥官进行轮换。幸运的是，新上任的海军指挥官最终采取了积极合作的态度，接受了中央司令部对于战区空中作战的统一指挥，改变了越南战争时期空军、海军航空兵作战多头指挥的状况，使海空联合作战指挥得以实现。
