游戏改编电影的尝试再次开始，2000年《最终幻想：灵魂深处》成为了坂口所在的 SQUARE 会社经营史上最大的一次风险投资，这个总耗资超过1.5亿美元的庞大计划历时总共四年，先后投入的人力150人以上，为了保证其获得成功 SQUARE 几乎竭尽全力，许多游戏开发计划因此中止或变更。
就在各方的热烈期待下，史克威尔与哥伦比亚影业公司合作的《最终幻想：灵魂深处》于2001年7月13日正式上映。充满期待的观众们却失望地发现，《灵魂深处》情节老套拖沓且莫名其妙，这样的影片确实很难引起玩家的兴趣。该片上映三周后的总票房仅3020万美元，SQUARE当年度严重亏损了165.5亿日元。
为挽救财政告急的SQUARE，2001年10月9日，SCE（索尼电脑娱乐）紧急注资149亿日元（约为1亿2千4百万美元）购买了SQUARE18.9%的股票成为第二大股东，使得该社幸免于倒闭的危机。为了追究经营责任，SQUARE的经营三巨头都受到降职处分，坂口博信由副社长转任统括软件开发事务的技术总监。
坂口本人一直都是狂热的电影爱好者，《最终幻想》第一作的创作灵感有很大部分来自于詹姆斯 · 卡梅隆导演的科幻影片《未来战士》（《The Terminator》），他一直渴望有机会能够把自己另一方面的才能通过电影胶片传达给更多的世人。
《最终幻想：灵魂深处》是第一部不邀请真人出演，完全使用CG技术拍摄的电影
